汇总:生物信息学常用数据库、软件及下载元数据

2022-01-10 02:58:06 来源:
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一、动可作文档学之外的目录汇总1、核酸目录

NCBI []

NCBI (National Center for Biotechnology Information)是就是指旧金山国立动可作技术文档里心

EMBL []

欧洲各国原子动可作学测试室EMBL(The European Molecular Biology Laboratory)

DDBJ []

DDBJ(DNA Data Bank of Japan),于1984年建立,是世界之首DNA 目录之一,与NCBI的GenBank,EMBL的EBI目录共同组成国际DNA目录

CNGB []

里国国内目录(China National GeneBank)座落广州燕子新区,是继世界之首目录之后的亚太地区第四大国内级目录。它是里国首个,也是唯一一个国内遗传库,相对于亚太地区另外三个遗传库而言,国内遗传库样品保留的需求量、存储量和可访问的统计数据量之外是亚太地区最大。

BIGD []

里国国内遗传组科学统计数据里心 生命与身心健康大统计数据里心 (National Genomics Data Center BIG Data Center)

2、非序列RNA目录(1).非序列小RNA目录

miRBase []

piRNAbank []

piRNAbank []

SILVA []

(2).长非序列RNA目录:

LncRNAdb []

真核动可作

LncRNAwiki [_Page]

生命体长非序列RNA目录

(3).非序列RNA后代目录

Rfam[]

类似于Pfam的RNA后代注解目录

(4).非序列RNA遗传序列目录RNAcentral [ ]3、受体质目录(1).受体质文档

Human protein atlas [ ]

人体受体在蛋白、许多组织、病理条件下的隐含

(2).受体遗传序列目录

Pfam []

Pfam是受体质后代的目录,有数使用隐马尔可夫假设生成的注解和多遗传序列比对。

SwissProt []

手动注解的非统计数据流受体遗传序列目录

UniProt [ ]

PIR []

Antibodies []

BRENDA [ ]

HPRD []

InterPro []

通过整合多个受体之外目录,提供了一个方便的对受体遗传序列完成功能注解的模拟器,有数对受体质后代、形态域、功能位点的得出

iProClass []

PRF []

REBASE []

(3).受体质形态目录

PDB []

通过测试校准的形态

SCOP []

CATH []

PSI []

(4).受体组目录PRIDE [](5).受体质功能域目录

PROSITE []

最新一轮

Pfam []

最专业

ProDom []

CCD []

Prints []

SMART [ ]

TIGRFAM []

(6).受体互作目录

STRING []

DIP []

测试验证的受体相互关键作用目录

BioGRID [] :

IntAct [ ]

4、人体内目录

MapMan:一个功能强大的人体内唯一可查看和编辑软件

(1).人体内唯一可目录

KEGG []

GO []

NCBI BioSystems []

IMP []

plantCyc []

MANET [ ]

MetaNetX [ ]

(2).人体内组学故常用目录

MataboLights []

HMDB []

YMDB []

ECMDB []

(3).表型目录

Planteome []

dbGaP []

IPPN []

5、遗传序列比对(1).遗传序列与目录比对Blast [](2).多遗传序列外比对Clustal(3).遗传序列进化树深入研究MEGA6、遗传深入研究(1).遗传文档

GeneCard []

Gene Wiki[_Wiki ]

(2).遗传注解

Blast []

Interproscan [],

WEGO []

KAAS []

(3).遗传功能得出:

FGENESH []

AUGUSTUS [ ]

GENESCAN []

GeneMark []

Glimmer []

(4).遗传形态得出

Exon-Intron Graphic Maker []

根据候选遗传的外显子和内含子等文档描画遗传形态

Blastp [_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome]

可在线获取受体形态域的注解和前方文档

(5).词源遗传深入研究OrthoDB是直系词源可作的先导目录[](6).亚蛋白有别于得出PSORT Prediction [](7).蛋白核深入研究Plantcare [](8).调控用意遗传的miRNA得出psRNAtarget [](9).隐含深入研究

ArrayExpress [ ]

统计数据来自EMBL的小分子功能遗传组学测试的统计数据;

BAR []

在深入研究遗传功能时,通故常会参见遗传的隐含模式,即遗传在变种相异许多组织相异受精时期的隐含丰度推移。通过在线深入研究该网站BAR对候遗传完成隐含深入研究。 是一个变种生信深入研究资源该网站,用该该网站深入研究遗传隐含时,不仅可以获得遗传隐含模式的热图,还可以获得可视化的电子荧光图片,直观呈现遗传在变种许多组织里的隐含前方。

(10).遗传形态描画

GSDS []

Gene Structure Display Server,特于遗传组注解元数据描画遗传序列遗传形态等功能

7、受体质深入研究(1).受体二级三级形态得出及插图CFSSP []SOPMA [_automat.pl?page=npsa_sopma.html]PredictProtein []SWISS-MODEL [](2).受体功用深入研究

ProtParam []

受体功用深入研究是就是指受体的一些可作理和化学模板,如原子量、等电点、和原子组成、消光倍数、半衰期、不安定倍数、三酸甘油酯族就是指数、水溶性。这些模板,有助于完成受体的之外机械人测试。比如在体外体系(大肠细霉菌、大肠杆菌等)隐含和纯化用意受体时,需考虑受体的原子量、等电点、消光倍数、不安定倍数和水溶性等。在酶能活测试里,也需根据这些模板可用性测试体系。

(3).受体亲奏疏水底深入研究

Protscale []

受体的亲奏疏水底主要由其侧链自由特R,如果R只是H或是C、H两元素组成的话,都是奏疏水的,如果含有极性侧链自由特,如-OH、-SH、-COOH、-NH2 等,则就是极性的(亲水的)。奏疏水底有赖氨酸、色氨酸、苯N-、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、N-和谷胱甘肽(甲硫氨酸)。奏疏水底在受体质内部,在保持受体质的三级形态上,酶和特质、抗体和抗原外的相互关键作用等各种非碳原子的原子混合方面,很强重要关键作用。

(4).跨越其内深入研究

TMHMM []

受体的跨越其内深入研究对于得出受体的亚蛋白有别于密切之外。如果很强跨越其内,受体很可能定座落蛋白里与腹高音之外的形态,如蛋白质腹高音、叶绿体腹高音或线粒体腹高音等内腹高音的系统。此外,受体跨越其内深入研究对于受体功能深入研究也有一定的帮助。比如某受体没有跨越其内,但是亚蛋白有别于测试显示其可定座落腹高音之外形态,这暗示该受体可能通过其他腹高音有别于受体动员过去的。

(5).回波肽深入研究

SignalP []

峰顶回波前方为回波肽切割点,峰顶之前的遗传序列为回波肽

回波肽是就是指借助新衍动可作的受体质向肠道通路转移的短肽链,故常座落受体的N-末端,负责把受体质借助到相异其内的亚蛋白器内。序列肠道受体的mRNA在翻译时首先衍动可作N末端的回波肽,它被回波肽辨认受体(SRP)所辨认,SRP将蛋白核携带至溶酶体上,溶酶体腹高音上的 SPR 介导辨认并与之混合。新衍动可作受体在回波肽借助下到达溶酶体内高音,而回波肽则在回波肽酶的关键作用下被切除。由于它的借助,高年级的就能够通过溶酶体腹高音进入高音内,再一被肠道到胞外。在宿主霉菌里隐含外源受体时,可用回波肽借助外源受体有别于肠道到胞外,大大提高受体可溶,在脱氧核糖核酸隐含的系统(大肠细霉菌、芽孢细霉菌等)和真核隐含的系统(如毕赤大肠杆菌)里均有领域。

(6).线粒体位点深入研究

NetPhos []

KinasePhos-2.0 []

受体质线粒体就是指由受体质激酶催化的把 ATP 的磷酸特转移到底可作受体质残特(激酶、苏氨酸、赖氨酸)上的过程,或者在回波关键作用下混合 GTP(通故常以 GTP 取代 GDP),是动可作体内一种普通的调节方式,在蛋白回波转导的过程里起重要关键作用。在回波超过时通过获得一个或几个磷酸的公司而被激能活,而在回波减弱时能转化成这些的公司,从而失掉能活性。有时某个回波受体线粒体通故常造成下游的受体依次发生线粒体,转变成线粒体级联反应。

二、动可作文档学软件及下载链接:

Clustal:

MEGA:

MAFFT:

Sequence Matrix:

PGDSpider:

DnaSP v6:

Arlequin:

MapMan:

PartitionFinder:

jModelTest:

IQ-TREE:

IQ-TREE在线:

RaxmlGUI:

Mrbayes 3.2.7:

PhyloSuite:

BEAST:

Figtree:

Tracer:

PopART:

Network:

Structure:

CLUMMP:

Distruct:

Migrate-N:

Phylonet: 或

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